MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 plasmid pHM500

Total Repeats: 1933

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017944	ACC	2	6	1281	1286	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017944	ACC	2	6	1308	1313	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_017944	GTT	2	6	1349	1354	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017944	GTT	2	6	1383	1388	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017944	GA	3	6	1425	1430	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017944	ACG	2	6	1465	1470	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017944	CCA	2	6	1484	1489	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_017944	TA	3	6	1576	1581	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017944	AC	3	6	1588	1593	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017944	AAT	2	6	1649	1654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017944	TA	3	6	1750	1755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017944	GGT	2	6	1803	1808	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017944	TC	3	6	1853	1858	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017944	G	6	6	1877	1882	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017944	GGAT	2	8	1983	1990	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017944	GATA	2	8	1996	2003	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017944	GAC	2	6	2060	2065	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017944	TCC	2	6	2075	2080	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_017944	A	6	6	3737	3742	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017944	GAC	2	6	3743	3748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017944	GAGT	2	8	3751	3758	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017944	CGG	2	6	3987	3992	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017944	GAGT	2	8	4003	4010	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017944	CGGTC	2	10	4028	4037	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_017944	CAC	2	6	4067	4072	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_017944	GTTG	2	8	5324	5331	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017944	AT	3	6	5365	5370	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017944	ATC	2	6	5441	5446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017944	CTG	2	6	6013	6018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017944	CGA	2	6	6036	6041	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017944	GAT	2	6	6055	6060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017944	CGA	3	9	6075	6083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017944	TC	4	8	6121	6128	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_017944	TAG	2	6	7273	7278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017944	CTA	2	6	7347	7352	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017944	TAG	2	6	7353	7358	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017944	TCGT	2	8	7412	7419	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_017944	C	6	6	7429	7434	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
39	NC_017944	CT	3	6	7438	7443	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_017944	CTG	2	6	7937	7942	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017944	CTAT	2	8	7975	7982	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017944	AG	3	6	8006	8011	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017944	GTT	2	6	8032	8037	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017944	CTA	2	6	9487	9492	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017944	TA	3	6	9491	9496	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017944	TGG	2	6	9512	9517	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017944	ATT	2	6	9588	9593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017944	TTCG	2	8	11040	11047	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017944	AAC	2	6	11057	11062	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017944	GTG	2	6	11103	11108	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017944	AGTC	2	8	11349	11356	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017944	ATT	2	6	11402	11407	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017944	CG	3	6	11432	11437	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017944	ACC	2	6	11458	11463	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_017944	CA	3	6	12353	12358	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017944	GGGT	2	8	12364	12371	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017944	GAT	2	6	14175	14180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017944	CTT	2	6	14194	14199	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017944	GGCA	2	8	14256	14263	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_017944	GAT	2	6	14311	14316	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017944	AAC	2	6	14328	14333	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017944	GTC	2	6	15001	15006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017944	GAA	2	6	15016	15021	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017944	TGT	2	6	15078	15083	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017944	GTA	2	6	16681	16686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017944	AC	3	6	16693	16698	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_017944	TTG	2	6	16701	16706	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017944	TTGT	2	8	16749	16756	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017944	TGCC	2	8	16765	16772	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017944	GAT	2	6	18960	18965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017944	AGC	2	6	19029	19034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017944	TTA	2	6	19242	19247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017944	AGTG	2	8	19296	19303	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017944	TGT	2	6	20278	20283	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017944	GGA	2	6	20358	20363	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017944	ATT	2	6	20434	20439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017944	CTG	2	6	20915	20920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017944	GAG	2	6	20972	20977	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017944	AT	3	6	21112	21117	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017944	AC	3	6	21118	21123	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_017944	CT	3	6	21129	21134	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_017944	ACG	2	6	21186	21191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017944	TGAG	2	8	21397	21404	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017944	GCA	2	6	21422	21427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017944	TCTG	2	8	21441	21448	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017944	GCG	2	6	21449	21454	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017944	ACGG	2	8	21501	21508	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_017944	TTTC	2	8	22800	22807	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017944	AT	3	6	22850	22855	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017944	TAA	2	6	22862	22867	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017944	GGA	2	6	24414	24419	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017944	CGAA	2	8	24450	24457	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017944	TCT	3	9	24494	24502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017944	AGCG	2	8	24524	24531	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017944	ACTC	2	8	24602	24609	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_017944	ACCT	2	8	24632	24639	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_017944	CGGC	2	8	24706	24713	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_017944	CTT	2	6	24716	24721	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017944	CGA	2	6	24736	24741	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017944	GGT	2	6	24752	24757	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017944	GTC	2	6	24801	24806	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017944	CTT	2	6	24839	24844	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017944	TCC	2	6	24877	24882	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_017944	AGTG	2	8	25042	25049	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017944	TC	3	6	25099	25104	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_017944	ACC	2	6	25110	25115	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_017944	ACG	2	6	25183	25188	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017944	TTC	2	6	25235	25240	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017944	AAC	2	6	25274	25279	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017944	TG	3	6	25291	25296	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017944	ACT	2	6	25361	25366	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017944	GC	3	6	25391	25396	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
113	NC_017944	GGT	2	6	25409	25414	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017944	CG	3	6	25517	25522	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
115	NC_017944	CT	3	6	25526	25531	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_017944	ACTC	2	8	25540	25547	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017944	TTTATC	2	12	25584	25595	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_017944	GATG	2	8	25659	25666	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017944	GAC	2	6	25725	25730	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017944	GAT	2	6	25733	25738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017944	ATA	2	6	27229	27234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017944	CA	3	6	30911	30916	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017944	TCC	2	6	30923	30928	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_017944	ACT	2	6	30958	30963	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017944	TTG	2	6	30993	30998	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017944	TCG	2	6	31151	31156	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017944	TG	3	6	31161	31166	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017944	CCT	2	6	31248	31253	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_017944	GTC	2	6	31258	31263	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017944	CCAA	2	8	31315	31322	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_017944	AAT	2	6	31327	31332	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017944	TAG	2	6	31500	31505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017944	CTA	2	6	31574	31579	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017944	GAC	2	6	31637	31642	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017944	GA	3	6	31677	31682	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017944	GTC	2	6	31696	31701	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017944	CGAG	2	8	32578	32585	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017944	CTA	2	6	32606	32611	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017944	CGC	2	6	32636	32641	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_017944	ACCG	2	8	32665	32672	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_017944	TCGG	2	8	32691	32698	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017944	ACAG	2	8	32718	32725	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017944	CAA	2	6	32757	32762	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017944	TCGC	2	8	32783	32790	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_017944	TCG	2	6	34472	34477	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_017944	GTT	2	6	34513	34518	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017944	GAT	2	6	34571	34576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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434	NC_017944	ACCCC	2	10	98826	98835	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
435	NC_017944	A	7	7	98875	98881	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
436	NC_017944	CCA	2	6	98910	98915	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
437	NC_017944	GAGCC	2	10	98930	98939	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
438	NC_017944	GCG	2	6	98942	98947	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
439	NC_017944	AG	3	6	98957	98962	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
440	NC_017944	AGA	2	6	99099	99104	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
441	NC_017944	TATTG	2	10	100527	100536	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
442	NC_017944	CAC	2	6	100553	100558	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
443	NC_017944	TAG	2	6	100568	100573	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
444	NC_017944	TCG	2	6	100576	100581	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
445	NC_017944	AGGT	2	8	100608	100615	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
446	NC_017944	TGA	2	6	100660	100665	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
447	NC_017944	AGA	2	6	100687	100692	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
448	NC_017944	T	6	6	100698	100703	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
449	NC_017944	AAC	2	6	100712	100717	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
450	NC_017944	GACGC	2	10	100823	100832	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
451	NC_017944	AACG	2	8	100836	100843	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
452	NC_017944	GAG	2	6	100883	100888	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
453	NC_017944	AGT	3	9	100911	100919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
454	NC_017944	GGCA	2	8	100954	100961	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
455	NC_017944	CTC	2	6	101089	101094	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
456	NC_017944	ATA	2	6	101113	101118	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
457	NC_017944	CGG	2	6	101310	101315	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
458	NC_017944	AAG	2	6	101371	101376	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
459	NC_017944	TCGTA	2	10	101436	101445	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
460	NC_017944	GGTTT	2	10	101455	101464	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
461	NC_017944	AG	3	6	101517	101522	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
462	NC_017944	GCCC	2	8	104530	104537	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
463	NC_017944	ACGG	2	8	104560	104567	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
464	NC_017944	TAA	2	6	105300	105305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
465	NC_017944	GA	3	6	105316	105321	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
466	NC_017944	GAAC	2	8	105981	105988	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
467	NC_017944	AC	3	6	106022	106027	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
468	NC_017944	C	6	6	106089	106094	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
469	NC_017944	CAG	2	6	106096	106101	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
470	NC_017944	AAT	2	6	106102	106107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
471	NC_017944	GTC	2	6	107304	107309	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
472	NC_017944	GAT	2	6	107320	107325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
473	NC_017944	TTG	2	6	107445	107450	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
474	NC_017944	GAG	2	6	108697	108702	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
475	NC_017944	CCG	2	6	108743	108748	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
476	NC_017944	AGT	2	6	108796	108801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
477	NC_017944	ACC	2	6	108805	108810	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
478	NC_017944	GTT	2	6	108834	108839	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
479	NC_017944	AT	3	6	108840	108845	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
480	NC_017944	AGG	2	6	108882	108887	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
481	NC_017944	CGT	2	6	108889	108894	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
482	NC_017944	GTC	2	6	109749	109754	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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491	NC_017944	GAAC	2	8	110559	110566	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
492	NC_017944	CAG	2	6	110750	110755	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
493	NC_017944	TCCA	2	8	110836	110843	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
494	NC_017944	TC	3	6	110856	110861	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
495	NC_017944	ATGGC	2	10	110915	110924	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
496	NC_017944	TGG	2	6	110981	110986	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
497	NC_017944	ACCG	2	8	111201	111208	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
498	NC_017944	CGA	2	6	111263	111268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
499	NC_017944	CT	4	8	111293	111300	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
500	NC_017944	GTC	2	6	111337	111342	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

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